本实用新型公开了一种氢燃料电池冷却系统，包括燃料电池电堆、温度传感器、冷却液水箱、去离子器、电子节温器、过滤器、散热器、散热系统控制器、电磁三通阀、温度压力传感器、加热器和循环水泵，所述温度传感器与散热系统控制器电连接，所述电子节温器与去离子器相连，所述过滤器与电子节温器相连，所述散热器与过滤器相连，所述加热器与循环水泵相连，所述温度压力传感器与加热器相连。本实用新型属于燃料电池系统技术领域，具体是一种通过对冷却液进行循环再利用并将冷却液过滤去离子得到纯质的冷却液，保护管路及电池，提高使用寿命，同时通过对冷却液再加热，使电池启动时更加快速且不会因过冷而降低电池的使用寿命。