本实用新型涉及燃料电池，提供一种燃料电池冷却系统，包括用于冷却燃料电池的冷却循环回路和连接于所述冷却循环回路的排气回路，其中所述冷却循环回路上设有泵送装置，且在所述泵送装置的进口端和出口端的两侧流路上连接有热量调节支路，所述热量调节支路上设有去离子器和加热装置，其中所述去离子器在所述热量调节支路的冷却液流动路径上，且设置为相对于所述加热装置更靠近所述泵送装置的出口端，以能够稳定流经所述加热装置内的冷却液的电导率；所述排气回路的出口端与存储容器连接，以能够排出所述燃料电池冷却系统内的气体。本实用新型所述的燃料电池冷却系统能够有效控制冷却液循环量，并有效排除系统内气体，热交换率高，系统稳定性高。