本实用新型属于水产养殖技术领域，具体提供了一种生态处理淡水养殖系统，包括养殖池、水源净化区和尾水处理区，水源净化区包括顺次连接的第一沉淀池、第二沉淀池和第一生态池，第一生态池与养殖池连接，尾水处理区包括顺次连接的第三沉淀池、第四沉淀池、第二生态池和微生物池，第三沉淀池与养殖池连通；水体经过第一沉淀池和第二沉淀池使水体中的不溶物沉淀到池底，第一生态池内种植耐水植物和沉水植物吸收水体中的氨氮废物并且为微生物提供附着场所；养殖废水顺次经过第三沉淀池和第四沉淀池沉淀、净化，再经过第二生态池吸收水体中的氨氮废物，水体中的有机物经过微生物池进行生物降解，将水体中的大部分有机物分解成对环境无害的无机物。