本实用新型公开了一种电子真空泵转子定位结构，包括电机、法兰、腔体、上盖板和下盖板，所述电机安装于法兰的底面，所述下盖板、腔体和上盖板由下往上依次设置于法兰的顶面，所述腔体中设置有转子，所述电机的输出轴向腔体内部延伸且其端部成型有对称设置的扁司面，所述转子的中心开设有套接于所述扁司面的扁司通孔。本实用新型的有益效果在于：通过在电机的输出轴端部加工出对称的扁司面和转子中心的扁司通孔配合定位，取代了作为过渡连接的驱动套，降低了加工难度和生产成本，并且使转子能得到更高的扭矩增加转速，提高了电子真空泵的性能，大大延长了其使用寿命。