本实用新型提供一种中药高温灭菌系统，包括用于容纳中药的罐体、设置在罐体外侧的用于容纳蒸汽的夹套、可转动地设置在罐体内的搅拌桨、连接搅拌桨并带动搅拌桨转动的驱动装置、用于控制夹套内蒸汽流量的控制装置，其中，驱动装置设置在罐体顶部中心位置，罐体顶部靠近中心位置设置有压力传感器，控制装置根据压力传感器检测到的压力值控制进入夹套内蒸汽流量的大小，通过在罐体外侧设置夹套，并在夹套中通入蒸汽对罐体中的中药进行加热，避免了罐体内的电加热装置与搅拌桨产生干涉的现象，也避免了罐体内的电加热装置被腐蚀的现象，该系统采用罐内的空气压力计算中药温度，成本低，结果准确，不会造成中药的污染，安全性高。