本实用新型提供一种用于水厂的过滤消毒系统。它包括过滤模块、消毒模块，所述第一出水管上设置有出水阀，所述过滤模块还包括过滤控制箱，所述出水阀设置有电子开关，所述电子开关与过滤控制箱电连接，所述过滤控制箱包括有主控制器，所述主控制器用于接收出水阀的状态信号及输出出水阀的启动或停止控制命令，所述主控制器还包括RS485接口，所述过滤控制箱还包括计时器，用于设置反冲洗周期和反冲洗时长；所述消毒模块的消毒池设置有第一余氯检测仪，所述第二出水管设置有第二余氯检测仪。该系统采用定时反冲洗装置，使得滤料始终能处于高效率状态，同时采用自动化消毒装置和中控室PLC总控调度，使得消毒方便、且能实现远程控制。