本发明公开了一种山间自来水厂用双向控制水体消毒系统，包括消毒装置本体，底座的顶端中部固定安装有消毒装置本体，消毒装置本体的内部分别设置有化学消毒箱与物理消毒箱，化学消毒箱的中部与物理消毒箱的相对一侧固定连接有密封圈，物理消毒箱的另一侧固定安装有电动三通阀，电动三通阀的一侧出口固定连接有连通管，连通管的中部固定连接有增压泵，连通管的一端与化学消毒箱的背面一端相互贯穿连接，消毒装置本体的一端固定安装有出水口。本发明内消毒装置本体中设有两组化学消毒箱，根据检测出水体的质量进行控制消毒的量，并且能够监测该水体的质量，最后将检测后的数据传输给系统，以此实现双向控制的处理操作。