本实用新型公开了一种蓝藻水华净化系统，包括吸水喇叭口、筛网、潜水泵、浮球、配重体、传输管道和牵引绳；所述吸水喇叭口上端开口覆盖筛网，下端开口连接潜水泵，潜水泵上表面位于吸水喇叭口的两侧连接有对称的两个浮球，两个浮球通过连接线连接，所述连接线上连接有配重体和牵引绳，传输管道设于潜水泵的侧壁靠近底部位置。相对于现有技术，本实用新型所涉及装置成本及维护成本较低、装置搭建简单，可快速高效对溢流入断头河道支浜内的蓝藻水华进行去除。此外，可以通过在河道支浜进行扬水曝气，改善了支浜的流态和传质效果，为河道水体充氧，从而提高了河道支浜水体的自净能力。