本实用新型涉及蓝藻检测技术领域，且公开了一种全自动蓝藻水华在线检测设备，包括基座，所述基座上开设有取样孔，所述取样孔孔壁上固定连接有固定板，所述固定板上端安装有电机，所述电机的输出端通过联轴器连接有螺纹杆，所述固定板上开设有活动槽，所述活动槽内滑动连接有活动块，所述活动块上开设有螺纹孔，所述螺纹杆通过两个轴承与活动槽相向的槽壁转动连接，所述活动块通过螺纹孔螺纹连接在螺纹杆上，所述活动块的一端穿过活动槽槽口并向外延伸。本实用新型使得蓝藻水华在线检测设备可以适应不同液位的水体取样，能够取出低液位的水进行蓝藻浓度检测，且能够在取样水检测后将其自动排出，便于蓝藻水华在线多次检测。