本实用新型公开了一种微生物孵育箱，包括设有多个独立腔室的箱体和控制器，每个腔室内均设置有孵育部：包括设置在腔室底板上的导轨，导轨上设有孵育托盘，孵育托盘端部设置有仓门将腔室密闭；孵育托盘侧部顺轨道方向设置有齿条，箱体外壁上对应于齿条位置处设置有驱动电机，驱动电机的电机轴密封贯穿箱体侧壁延伸至腔室内并通过齿条与齿轮啮合；腔室顶部设置有电加热板和温度检测传感器；温度检测传感器和位置检测传感器的检测信号输出端与控制器信号输入端连接，控制器控制信号输出端与驱动电机控制器的控制信号输入端连接，控制器电源输出端与电加热板的电源输入端连接。本实用新型优点是自动化程度高，有效减少人为因素对实验的影响。