一种药用玻璃瓶自动分流装置，包括分流转盘；外罩板，其侧壁上开设有外罩板出料口，外罩板的上端面上设有外罩板调节支架；第一限位板设在外罩板的内侧，第二限位板设在外罩板和第一限位板之间，第一限位板与第二限位板之间形成第一出料通道，第二限位板与外罩板之间形成第二出料通道，在第一限位板上端面上设第一调节支架，在第二限位板上端面上设第二调节支架；一用于分拨导流药用玻璃瓶的中心分瓶机构，设在分流转盘的上方；工作台，设在分流转盘的下方；一用于驱动分流转盘的驱动机构；用于固定第一、第二限位板及外罩板的第一、第二螺栓。实现药用玻璃瓶的自动分流，节省人工，提高装瓶输送数量，降低成本，适应不同规格的生产需要。