本实用新型公开了一种药用玻璃瓶清洗装置，包括有链条输送机构，链条输送机构的链条的内侧分别固定安装有用于固定玻璃瓶的若干个夹持机构，链条输送机构的上方设置有朝向玻璃瓶瓶身的上喷头，链条输送机构的下方分别设置有集水槽和朝向玻璃瓶瓶口的下喷头，链条输送机构的一侧设有水箱，水箱一方面通过输水管路分别与上喷头和下喷头相连接，另一方面通过回水管路与集水槽相连接。本实用新型实现了流水线式清洗作业，有效提高了工作效率，避免了因生产车间地面、角落等积水而滋生霉菌、病菌等隐患，有效节约了水资源，提高了清洗效果，能够有效避免因清洗后的水经瓶口流入瓶内所造成的二次污染，保证了清洗效果。