本实用新型公开了一种微孔板多级清洗装置，包括清洗机壳，所述清洗机壳的顶部固定安装有驱动电机，所述清洗机壳的外部镶嵌安装有机盖，所述驱动电机的输出端上安装有转轴，且转轴位于清洗机壳的内部，所述转轴的外部固定安装有清洗板，所述清洗机壳的背面外壁上固定安装有水箱与反应液箱，所述水箱与反应液箱的底部均固定安装有导液管，且导液管上固定安装有抽液泵。本实用新型通过安装有水箱与反应液箱，在对微孔板进行清洗过程中，可先加入水对微孔板进行初步的浸泡清洗步骤，一段时间后再加入反应液与微孔板上的杂质进行结合反应清洗，最后再开启循环清洗过程，实现了多级清洗步骤，大大提高了微孔板的清洗效果与洁净度。