本实用新型公开了一种马泡瓜籽分离装置，包括搅拌桶，所述搅拌桶顶面垂直固设有进料管，所述搅拌桶顶面安装有驱动电机，所述驱动电机的电机转轴上固设有搅拌器；所述搅拌桶底面呈漏斗状，所述搅拌桶底面安装有多个加热器，所述搅拌桶底面中央贯穿固设有下料管，所述下料管与活塞螺纹连接；所述搅拌桶下方设置有过滤筒，所述过滤筒顶部通过多根钢筋与搅拌桶底部连接，所述过滤筒内安装有马泡瓜籽过滤机构。本实用新型通过搅拌器将马泡瓜果肉充分搅拌粉碎，然后利用加热器将马泡瓜果肉干燥成粉末，最后利用过滤网将粉末滤出只保留马泡瓜籽，实现马泡瓜籽的分离，本实用新型结构紧凑，造价低廉，适合推广使用。