本实用新型提供一种基于模糊聚类的重叠蛋白质复合物分离设备，涉及蛋白质分离技术领域，包括外框，所述外框的外表面顶部设置有液泵，所述液泵的进液端设置有进液管，所述液泵的出液端设置有输液管，所述外框的内表面顶部固定连接有透析框，所述透析框的内表面两侧之间设置有透析膜，所述外框的内表面底部固定连接有支撑座，所述支撑座的顶部固定连接有暂存槽，所述暂存槽的一侧设置有出液管。解决了现有的用于基于模糊聚类的重叠蛋白质复合物分离设备在使用时不能对蛋白质分离提纯之后的液体进行很好的处理，不能及时进行排放，降低了蛋白质分离的持续工作的效率，同时可能会污染环境，不利于长期进行使用的问题。