本实用新型涉及车辆部件领域，提供一种电机控制器及其密封结构和车辆，所述电机控制器的密封结构包括箱体、注塑支撑件及导电柱，所述箱体包括具有安装孔的箱板，所述注塑支撑件贴合于所述箱板的内表面而封闭所述安装孔，导电柱穿过所述注塑支撑件上的通孔而延伸到所述箱体外部，所述导电柱的外周套设有密封所述导电柱和所述注塑支撑件的第一密封圈，所述箱板的内表面与所述注塑支撑件之间设置有第二密封圈。本实用新型所述的电机控制器的密封结构，通过注塑支撑件分别与导电柱和箱体箱板之间的两个密封件，以注塑支撑件作为密封过渡，实现了导电柱与箱体箱板间的密封，提高了整体密封性能，避免外部灰尘等异物泄漏进入电机控制器内部。