本实用新型属于生物安全防护技术与装备领域，本实用新型公开了一种高危病原微生物无人化隔离检测系统。装置包括：隔离舱、传递舱、病原体核酸自动处理与检测单元、通风过滤系统和控制系统；病原体核酸自动处理与检测单元设置在隔离舱内部，隔离舱底部设置有废弃物排出口，内部设置有操作手套，一侧与传递舱连通，另一侧设有设备门；传递舱一侧与隔离舱连通，另一侧设有第一密闭门，传递舱上设有第二密闭门，第二密闭门与样本灭活模块连通；通风过滤系统包括隔离舱通风过滤装置和传递舱通风过滤装置；隔离舱通风过滤装置设置在隔离舱的顶部，传递舱通风过滤装置设置在传递舱的窗体上。本实用新型的装置自动化程度高，具有良好的生物安全性。