本实用新型揭示了医疗废水综合处理系统，包括格栅池、连接格栅池的第一调节池、连接第一调节池的化学反应池、连接化学反应池的沉淀池、化粪池、分别连接化粪池和沉淀池的第二调节池、连接第二调节池的水解酸化池、连接水解酸化池的MBR池、连接MBR池的具有超滤装置的清水池；沉淀池进行固液分离的污泥排入的污泥池，沉淀池进行固液分离的污水排入的第二调节池，MBR池中部分污泥回流至水解酸化池，部分污泥排入污泥池，污泥池内污泥脱水处理，滤液重新进入第一调节池，清水池的出水回用或排放。本实用新型实现了将高浓度医疗废水与医院生活污水、食堂废水等低浓度废水单独预处理后再进行深度处理，达到达标排放和回用要求，降低处理成本。