一种医疗机构废水的生物处理系统，它包括通过管道依次连通的固液分离单元、初沉单元、厌氧单元、好氧单元、终沉单元、过滤单元和消毒单元，以及曝气装置，其中在初沉单元和终沉单元中分别装有气升泵，气升泵的输入端通过管道与曝气装置连通，其输出端通过管道与搅拌单元连通，在搅拌单元中投放消毒材料。在厌氧单元和好氧单元中分别加入生物菌群。在好氧单元中还置放若干个浮动式生物滤球，有效地保证生物菌群的稳定性，最大限度地发挥生物菌群的处理功能。并经多层石英砂过滤后投放消毒氯锭进行消毒，能有效地消除传染病菌及病毒等各种病源体，以避免二次污染。同时，处理中产生的污泥也进行消毒处理，达到国家标准中规定的排放要求。