本实用新型公开了一种生物制药废水处理系统，包括含锌废水和含铜废水，通过设置有第一混凝反应池、第二混凝反应池、第一沉淀池、第二沉淀池和集水池，使得制药废水可以得到初步的混凝沉淀；随后进入集水池中，均匀水质调节水量；然后进入芬顿池，将废水中难降解有机物分解成小分子有机物，提高废水可生化性；而后进入水解酸化池进行预酸化；再进入好氧池去除废水中有机污染物；然后再进入消毒池投加二氧化氯消毒进行一次消毒后再次进行臭氧二次消毒，以消灭废水中的大肠杆菌等有害细菌；最后达标排放。本实用新型解决了目前制药废水难以处理、废水处理后质量不达标、废水处理后的资源利用率低的问题。