本申请涉及一种制药废水处理系统，其包括集水井、调节池、应急池、混凝反应池、絮凝反应池、混凝沉淀池、中间水池、臭氧氧化塔、水解酸化池、接触氧化池和沉淀池，接触氧化池出水进入沉淀池进行固液分离以上清液指标达到三级排放标准，沉淀池的污泥排入集泥井，间断地排入污泥浓缩池，经浓缩后进入污泥压滤机得到污泥；沉淀池排出的上清液进入清水池，在该池内曝臭氧处理；该制药废水处理系统还包括观赏池，接受清水池的经过曝臭氧处理后的清水，观赏池的下游设置达标排放口，制药废水经过处理达标后的水在达标排放口排出。通过本设计，可以使废水经处理后达到国家允许的排放标准。本申请的制药废水处理系统呈现如说明书所述的优异技术效果。