本实用新型属于废水处理领域，具体公开了一种高效节能制药废水处理系统，包括由上至下依次呈阶梯状分布的过滤箱、离子交换箱、生物处理箱和净化吸附箱，净化吸附箱底部的排液管连通至水样检测盒，循环入水接口和循环排水接口之间通过导管连通，导管上安装循环水泵。本实用新型使得进入最上层过滤箱的废水在自身重力势能的作用下自动流入下层的各个箱体内，无需外接多个水泵进行泵送转接，节能效果好；在最下层箱体的出水口接入水样检测盒，并通过导管和循环水泵的作用，能够将处理不达标的废水重新进行循环处理，保证废水处理效果；经过滤箱、离子交换箱、生物处理箱和净化吸附箱的配合，对废水进行逐级净化，处理效率高。