本实用新型公开了一种制药废水处理系统，包括承重板、清理搅拌机构和防尘机构，所述清理搅拌机构位于承重板上，所述清理搅拌机构包括处理箱体，所述处理箱体安装于承重板的顶部，所述转轴的外壁固定有刮板，且刮板位于处理箱体的内部，并且刮板的内部设置有横杆，而且横杆固定于转轴的外壁，所述处理箱体的底部连接有排污口，且排污口上安装有第一阀门，并且处理箱体的底部安装有加热板，所述承重板的顶部设置有水箱；本实用新型设置有气管和套筒，使得套筒内部的水蒸汽能够对水管内部的废水进行加热，从而减少了加热板对废水加热的时间，降低了能源的损耗，使得水蒸汽能够利用，起到了节能环保的作用。