本实用新型公开了一种磁悬浮离心机磁轴承的安装结构，包括进气道、叶轮、定子、第一轴向电磁轴承、第二轴向电磁轴承、第一永磁径向磁轴承、第二永磁径向磁轴承、机壳和转子芯轴；其中，机壳内设置定子，转子芯轴贯穿定子并延伸出机壳外，转子芯轴位于机壳内的两端设置第一轴向电磁轴承和第二轴向电磁轴承，第二轴向电磁轴承内侧面设置第一永磁径向磁轴承，机壳一端外侧设置叶轮，位于叶轮外侧、进气道内侧的转子芯轴外设置第二永磁径向磁轴承。本实用新型通过改变第二永磁径向磁轴承的安装位置，使得电机的总体结构及尺寸变小；机壳的内部结构更加简单，容易拆装；电机转子的外径最粗部分的长度变短，质量变轻。