本实用新型公开了一种多轴电主轴结构，包括电主轴和电主轴壳体，所述电主轴在电主轴壳体Y轴方向设有两列，所述两列电主轴的第一列电主轴与第二列电主轴上的电主轴数量不相等，并且两列电主轴的位置交错安装，所述两列电主轴固定安装在所述电主轴壳体内，所述第一列电主轴从电主轴壳体前端面伸出的长度大于第二列电主轴从电主轴壳体前端面伸出的长度。本实用新型采用电主轴作为加工动力源，具有高转速、高精度、高效率的优点，有效的提高加工效率，两列电主轴之间的位置交错安装使得在加工时电主轴上的搭载刀具可以互不干涉影响，并且方便实现加工电主轴和搭载刀具的切换加工，所述电主轴壳体将所述电主轴安装在其内部可以使得加工效果更加稳定。