本实用新型公开了一种流域清淤修复系统，包括设置于治理区域河岸上的空气压缩装置、设置于治理区域河岸上的清淤空压机和沿河道方向布设的多个曝气装置，所述曝气装置间隔布设于河道内河水底部，并与河道内的河床淤泥接触，任意两个相邻的曝气装置之间均设置有一个清淤喷头；所述空气压缩装置通过空气管道分别与每一个曝气装置连接，所述空压机通过高压气管分别与每一个清淤喷头连接；本实用新型利用清淤喷头将河道淤泥从河床底部推入水中，再通过能够保证较高曝气效率的曝气装置搅拌淤泥，增加水体溶解氧含量，加速耗氧反应进程，有助于实现水体的修复，完善水生态系统，恢复河道的生态功能和调节功能。