本实用新型涉及智能医疗设备技术领域，具体涉及一种带指令输入功能的装载层架系统，包括装载层架架体和轨道槽，所述架体内设置有至少一层置物网，架体的两侧分别设置有多个滚轮，所述滚轮与轨道槽相匹配，架体的侧壁上还设置有基板，所述基板设置在滚轮之间，基板上设置有第一耦合单元，所述轨道槽侧壁上设置有第二耦合单元。本实用新型通过一对耦合单元构成一个磁性耦合开关，在基板上选择性安装第一耦合单元，即可形成多种不同组合的指令，然后在对多种不同类型的医疗器械，对应分配一种组合指令，而医用清洗消毒设备的控制系统收到某种组合指令信号时，控制运行处理该类型医疗器械的清洗消毒程序，实现指令的自动输入，方便快捷，节省人力。