本发明创造公开了一种秸秆有机肥发酵系统，包括发酵设备以及粉碎输送设备；发酵设备包括设备底板、卧式壳体、出料机构、搅拌机构、加热机构以及冷凝水导出机构；粉碎输送设备包括底座板、粉碎机、收料箱、绞龙输送机构以及高度调节机构。该秸秆有机肥发酵系统将绞龙输送机构和粉碎机相组合，能够在粉碎机将秸秆粉碎后直接将粉末输送至发酵设备进行发酵，无需人工搬运，能够确保工作效率，同时绞龙输送机构伸入收料箱内进行物料输送，避免造成空气污染；利用高度调节机构能够调节绞龙输送机构右端高度，满足各种高度发酵设备的使用需要；利用搅拌机构对卧式壳体内的秸秆物料进行搅拌，使得物料受热均匀，确保发酵效率和发酵均匀性。