本申请提供了一种基于微生物菌剂的秸秆基有机肥发酵系统，属于秸秆基有机肥发酵技术领域。该基于微生物菌剂的秸秆基有机肥发酵系统包括发酵机构和预处理机构。发酵机构包括发酵筒、第一电机和螺旋叶片，第一电机连接于发酵筒一侧，螺旋叶片安装于第一电机输出轴，螺旋叶片延伸至发酵筒内，预处理机构包括支柱、粉碎箱和粉碎组件，粉碎组件包括第二电机、第一转杆、第一齿轮、第一粉碎辊、第二齿轮、第二转杆和第二粉碎辊，支柱两端分别与发酵筒和粉碎箱连接，第二电机连接于粉碎箱一侧。本申请通过设置粉碎结构和翻动结构，可有效减少秸秆发酵时间和使秸秆发酵彻底，减少秸秆浪费，减少能耗，有利于秸秆进行发酵。