本实用新型公开了一种全自动在线除垢杀菌装置，包括电气箱，所述电气箱的上端面安装有工作仓，所述工作仓的侧均设置有过渡仓，其中一个所述过渡仓的一侧安装有动力机构，所述工作仓的上端面安装有进水端口，所述进水端口的一侧安装有紫外线杀菌灯座，所述紫外线杀菌灯座的一侧安装有出水端口，其中一个所述过渡仓内壁的一侧安装有连接头，所述连接头的内侧安装有转轴，所述转轴的一侧均匀排列有支撑架，两个所述支撑架之间安装有两个毛刷，所述转轴两侧的外表面均安装有吸污端口，其中另一个过渡仓的内侧安装有负压仓。本实用新型使装置具备了快速杀菌以及除垢的功能，使装置能够长时间运行操作。