本实用新型公开了一种浮游微生物采样器,包括主体，所述主体内设有采集槽，所述主体的顶壁设有进水口，所述进水口的内侧壁固定安装有漏斗口延伸至采集槽内的进水漏斗，所述采集槽的左侧壁和右侧壁分别设有插口和插槽，所述插口和插槽内共同插设有采集板，所述主体内设有位于插槽右侧的固定槽，所述固定槽内设有固定结构，所述采集槽的底端固定连通有排水管，所述主体内设有位于固定槽右侧的采样槽。本实用新型通过在采集槽内设置带有过滤网的采集板，可以将浮游微生物和水分离，由风扇吹至采样板上进行培养繁殖，可以实时观测，实用性较广且操作简单，同时加热器将温度加热至浮游微生物适应的生长温度，便于浮游微生物的培养繁殖。