本实用新型涉及一种深海变水层测温取水系统，包括一取水管、至少一液压吊机、中央控制单元；取水管上端与船体通过滑块轨道结构连接，滑轨设置在船体外板上，滑块可沿着滑轨上下滑动,底部设有限位块，船体外板底部开孔周围设有密封圈；取水管下端的取水口处设置第一温度传感器；养殖水舱内设置第二温度传感器；用于取水的海底阀箱通过阀门Ⅰ与养殖水舱连通，阀门Ⅰ的进水前端设有水泵；海底阀箱处设有第三温度传感器；取水管上端出水口通过阀门Ⅱ与水泵前端连通；所述中央控制单元与阀门Ⅰ、阀门Ⅱ以及第一、第二、第三温度传感器分别信号连接。本实用新型实现对养殖水舱内海水的温度全自动控制，控制精度高；节省了人力，避免了手动控制的误操作等。