一种离子交换树脂去除头杯水的净水系统及净水器，净水器通过一种离子交换树脂去除头杯水的净水系统进行脱盐净水，净水系统设置有离子交换单元、过滤单元和三向切向阀，过滤单元的进水口与原水管路连通，过滤单元的第一出水口与三向切向阀的第一通道以管路连通，三向切向阀的第二通道与纯水管路连通，三向切向阀的第三通道与离子交换单元的进水口以管路连通，离子交换单元的出水口与纯水管路连通，过滤单元的第二出水口与浓水管路连通。当净水系统结束休眠时，通过三向切向阀切换过滤单元的纯水流向离子交换单元，对净水的盐浓度较高的“头杯水”进行吸附处理，通过离子交换单元对“头杯水”进行处理，能够合理利用水资源，提高用户使用体验。