本发明涉及水体底泥生态修复方法，涉及重金属污染治理技术领域，旨在解决现有的底泥修复方法对下层重金属去除效果相对不佳的问题，其包括S1、在河道边划分出底泥堆放区；在底泥堆放区和河道之间构筑出隔离区；S2、疏浚底泥，其包括将底泥挖出，对底泥做筛分、脱水和固化，固化后的底泥置于底泥堆放区；S3、在疏浚后的河道中设置原位覆盖区；S4、在底泥堆放区的底泥上种植重金属富集植物，周期性收割种植的植物；所述S2还包括根据底泥挖掘深度将底泥分为多级，对不同级的底泥分开筛分、脱水和固化；在底泥堆放区按照原底泥所处深度从高到低堆叠。本发明可相对高效的去除底泥中的重金属，底泥修复效果相对更佳。