本发明公开了一种基于生物多聚物污染基膜的高性能聚酰胺复合分离膜及其制备方法，属于膜分离技术领域。该方法首选采用生物多聚物污染基膜得到基膜与生物多聚物污染层的复合体；然后将复合体置于多胺单体溶于水形成的第一溶液中浸润后取出，去除复合体表面多余液滴；再将上步处理后的复合体浸入酰氯单体溶于正己烷形成的第二溶液中进行界面聚合使复合体表面形成一截留层，反应完成后取出晾干，再经热处理得目标分离膜。本发明创新性地将生物多聚物污染利用为一种对基膜的改性手段，对界面聚合形成聚酰胺截留层起积极正面的调控作用，显著提升了所制聚酰胺分离膜的过水与截留性能，为解决污染/报废低压膜回收使用难题提供了有效手段。