本发明公开一种耐污染聚酰胺复合膜，包括依次设置的基材、聚酰胺层和耐污染层；所述耐污染层为由海因树脂通过化学接枝的方法连接到聚酰胺膜上的功能层。本发明所得聚酰胺复合膜，整体结构精简；耐微生物性能和耐污染性能好，具有较高的水通量和截盐率，使用寿命长。本发明还公开一种耐污染聚酰胺复合膜的制备方法，制备过程简单，生产周期短；所得耐污染聚酰胺复合膜的耐微生物性能以及耐污染性能好，保持较高的水通量和截盐率，使用寿命长。