本发明涉及一种新型的高通量聚酰胺复合膜及其制备方法和应用，制备方法包括以下步骤：在聚砜底膜上涂覆水相溶液，除掉底膜表面残余的水相溶液；继续涂覆油相溶液，除掉膜片表面残余的油相溶液；将涂覆后的干膜片在微波干燥箱热处理，得到高通量聚酰胺复合膜；水相溶液包括混合均匀的阴离子表面活性剂、阳离子表面活性剂、低沸点有机溶剂、吸酸剂和多元胺，油相溶液为多元酰氯的异构烷烃溶液。本发明的水相溶液需要同时使用阴阳离子表面活性剂，使用其复配的特殊性质与低沸点有机溶剂形成了一个均匀“包裹”形态，低沸点溶剂以一定粒径均匀分散在水相中，在微波热处理过程中，低沸点有机分子能够快速逸出形成有效的水分子通道，提升膜性能。