本申请涉及一种基于小分子醇自由基的聚酰胺复合膜高通量改性方法，以提高反渗透及纳滤膜的水通量。所属方法利用氧化剂与小分子醇类有机物生成的醇自由基的改性溶液对聚酰胺复合膜进行改性，在不减少功能层厚度、不损害功能层物理结构的条件下，实现小分子醇在功能层表面和内部的有效接枝，提高膜表面亲水性，大幅提高膜的水通量，同时保持膜的脱盐效果。本发明方法简便、价格低廉、绿色环保，可方便与现有膜生产线结合，高通量膜可降低水处理能耗，减少膜组件使用数量，在海水淡化、再生水深度处理、工业废水零排放等水处理领域具有明显的优势。