本发明提供了一种适用于浅水粘性海床的底边界层原位观测系统与其布设方法。本发明建立可简易自制的低成本、易操作的水力桩基系统，既可保证打桩深度，实现海底观测系统的防沉降和稳定性功能，又可在观测系统布设时根据需要进行指定数量和位置的打桩；采用不锈钢管自由拼装手段，搭建仪器布设区和无扰流观测区，实现各类仪器的集成，避免仪器架体对观测空间的扰流影响，仪器布设区可根据用户需求进行调整和搭配；在观测架支脚和底桩顶端之间采用脚盘进行系统固定，不受观测系统自身重量的限制，改进了沉降板的缺点。本发明各组件替换或维修方便，成本低廉，可广泛应用，有效解决底边界层原位观测在全层位、多参数、连续稳定和高成本等方面的问题。