本发明提供了一种猪圆环病毒3型Cap蛋白、核酸、病毒样颗粒、疫苗及制备方法和应用，涉及分子生物学技术领域，本发明提供的猪圆环病毒3型Cap蛋白，具有如SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的蛋白质，其在酵母表达系统中能够进行可溶性表达，有效地提高了猪圆环病毒3型Cap蛋白的酵母表达效率。并且，本发明提供的猪圆环病毒3型Cap蛋白能够自组装为病毒样颗粒，应用该病毒样颗粒制备的疫苗兼有细胞免疫和体液免疫的特性，经免疫学相关实验表明，免疫效果很好。利用酵母表达系统表达猪圆环病毒3型Cap蛋白，具有生产成本低廉、生产工艺简单、通过高密度发酵能获得大量目标蛋白的优点，并且无内毒素污染，可用于大规模生产。