本发明公开了轨道交通再生电制动技术领域的一种轨道交通超级电容储能系统均压控制方法及系统，包括输入串联侧均压控制器、输出侧超级电容均压控制器、总电压控制器、多个变换器电流控制器、超级电容防过充或过放稳压控制器，分别采集各变换器输出侧的输出电压、输入侧的输入电压、各变换器的各支路电流，根据不同工作模式下超级电容允许的最大充电电压值或最小放电电压值及启动滞环阈值计算得出各变换器的电流给定调整系数；获得各变换器各支路的占空比；进而实现输出侧超级电容的均压控制及电容电荷量的最大化利用，同时保证输入侧串联的两组变换器工作在可控的安全电压区间，高效利用轨道交通再生制动产生的能量。