本发明公开了属于生物防治技术领域的一种防治植物病虫害的协同促根抗病菌的筛选方法和菌剂，步骤如下：在健康土壤中加入特异活性碳源，得到驯化土壤；在其中种植植物，采用活体生物刺激法处理植物，使植物患病；采集患病植物的根系病害部位与未患病植物的相同部位的微生物，进行菌群检测，筛选出现富集的微生物菌群；采集患病植物的根系病害部位，制备成接种液，筛选出富集的微生物菌群，得到协同促根抗病菌种。本发明的筛选方法，显著提高了筛选概率，兼顾了微生物间的协同作用及微生物与作物根系的亲和性，很大程度上保证了植株对生防菌的适应能力，更加有效且生态环保。