本发明提供一种共轭二烯烃加氢胶乳制备氢化共聚物的方法：将部分共轭二烯烃胶乳与荷维达‑格鲁布斯Ⅱ催化剂混合，得到混合物A；将剩余共轭二烯烃胶乳、所述混合物A和复合助剂混合，得到混合物B；所述复合助剂选自油酸钠、油酸钾、十四碳烯基磺酸钠、十四碳烯基磺酸钾、直链烷基硫酸盐、烷基甜菜碱中的两种或两种以上的组合；向所述混合物B中通入氮气进行搅拌脱气处理，之后，继续搅拌处理，得到混合物C；对所述混合物C升温并通入氢气，进行氢化反应，得到氢化共聚物。通过分批次加入的混料方式，引入特定的复合助剂，氮气脱气处理而后搅拌，实现共轭二烯烃的选择性加氢，降低催化剂用量，获得高氢化度产品，加快反应速率，提高催化效率。