本发明病毒序列整合的优化检测方法包括：从二代测序序列中筛选出病毒的参考序列，将二代测序序列采用BWA‑MEM算法对比以获得输入文件，输入文件中的序列比对结果包括完全匹配到宿主基因组上的序列的比对结果、完全匹配到病毒基因组上的序列的比对结果以及部分匹配到宿主基因组、部分匹配到病毒基因组的序列的比对结果；从输入文件中提取整合的序列，针对这些序列进行质量控制以过滤掉不符合预设条件中的任一条的序列；针对通过质量控制的序列，自动识别每个序列的类型；在完成整合序列类型的识别后，开始进行聚类，聚类针对宿主每条染色体、每个构象分别进行；针对每一个类进行断点的决策，根据每个类中断点处的不同情况实施不同的操作。