本发明公开一种金线莲共生菌的提取及纯化方法，包括以下步骤：S1金线莲杂菌去除、S2共生菌母种分离、S3共生菌纯化培养、S4共生菌扩大培养。本发明用于金线莲组培及种植行业共生菌的生产，添加到金线莲组培无菌培养基或金线莲种植培养基中，可明显缩短金线莲生长周期，并植株的叶片更加舒展，叶片金色纹路更加明显，茎节缩短、平均单株质量提高20％；另外，添加共生菌的培养基污染率下降30％，可解决金线莲组培行业对共生菌类添加剂产品的需求；同时，制作工艺简单，容易操作，可在工厂化生产金线莲组培苗中，添加共生菌共同培养，提高金线莲种苗的质量和产量，利于金线莲后期的下地栽培的成活率及环境适应性。