本发明公开了一种蛋白质提取纯化方法，包括以下步骤：A、建立提取纯化系统，提取纯化系统包括两个层析机构，两个层析机构通过第一管路串联，两个层析机构的进料端之间连接有第二管路，第一开关阀的进液端连接有第三管路，层析机构包括外壳，外壳内安装有两个层析柱，两个层析柱的进料端和出料端分别安装有二位三通阀；B、根据待纯化蛋白的性质选择对应的填料进行装柱准备，然后通过第一开关阀、第二开关阀和第三开关阀的开闭控制选择两个层析机构的串并联关系；C、使用提取纯化系统对待纯化蛋白进行提取纯化。本发明能够改进现有技术的不足，提高了蛋白质纯化工业化处理的开机率。