本发明涉及一种快速分离纯化蛋白质的方法，包括以下步骤：分别配置聚电解质a溶液、聚电解质b溶液和氯化钠溶液；向待分离蛋白质溶液中依次加入氯化钠溶液、聚电解质a溶液，振荡混合，稳定平衡后进行离心处理，使得溶液分离成两相，获得的上清液包含与聚电解质a带相同电荷的蛋白质A，获得的凝聚层包括聚电解质a以及与聚电解质a带有相反电荷的蛋白质B；向S2中获得的凝聚层中加入氯化钠溶液，之后加入聚电解质b溶液，与溶液中的聚电解质a形成沉淀，离心处理后，得到的上清液为澄清透明的包含蛋白质B的溶液。与现有技术相比，本发明能够高效的从蛋白质混合液中，得到纯净的蛋白质溶液，并且该方法成本较低，有利于工业化使用。