本发明提供了一种燃料电池系统停机过程中的氢气供给方法，包括使燃料电池系统的各个部件处于停机运转模式；根据燃料电池系统的冷却组件的状态查表得到燃料电池系统停机过程预期的氢气总消耗质量Mco；根据所有氢瓶的最高温度Tmax、减压阀入口端管路容积Vh、减压阀入口端压力Ph，减压阀出口端管路容积Vl和减压阀出口端压力Pl，分别计算高压管路内氢气容纳质量Mh和减压阀后低压管路内氢气容纳质量Ml；判断预期的氢气总消耗质量Mco是否大于等于Mh+Ml+△M，其中△M是预设的阈值，若“是”，保持至少一个氢瓶为开启状态并继续执行正常停机过程。这种方法的优点在于：在不影响燃料电池系统停机过程的前提下，减少了高压管路内存储的氢气质量，提高了安全性。