本发明公开了一种水性聚氨酯油墨连接料及其制备方法与应用，所述方法包括以下步骤：制备端NCO基聚氨酯预聚体A、B和C；取上述步骤得到的端NCO基的聚氨酯预聚体A和B混合，冷却至30～40℃得聚氨酯预聚体，加水使之分散得到混合液；在搅拌状态下将步骤S2得到的混合液加入到含有胺类扩链剂的水溶液中进行后扩链，再滴入所述端NCO基聚氨酯预聚体C，加入硅烷偶联剂进行交联反应，除去溶剂后用水调整固含量，即得所述水性聚氨酯油墨连接料。本发明改性水性聚氨酯合成结构进行设计，提高了聚氨酯树脂对溶剂和水释放效果，能够达到降低溶剂残留的性能要求，完全可满足食药包装产品残留溶剂的要求，满足食品药品的性能指标要求。