本发明涉及深海微生物领域，特别涉及深海原位细胞裂解组合物、裂解液、试剂盒及其应用。该方法可以在深海低温高压条件下直接获取海水中微生物的核酸。首先通过装置的海水泵将大量海水过滤到滤膜腔中，完成海水中微生物的富集；再通过蠕动泵将裂解液注入到滤膜腔，通过化学裂解方式破坏蛋白从而释放核酸；最后使用核酸吸附柱对核酸进行回收和保存；同时依靠深海核酸提取装置，可以一次获得多达9组的深海海水中微生物的核酸样品。本发明的技术方案中使用的裂解液与商业常温裂解液具有等同效用，且可以有效的避免传统采样方式中由于温度、压力等变化对核酸的影响。目前该技术方法已经成功用于全海深微生物核酸原位提取装置，获得微克级的核酸量。